Health Information/Common Data Model

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    CDM 5.3버전 샘플데이터를 통한 OMOP-CDM 특징 알아보기 (R

    안녕하세요. 씨앤텍 시스템즈 입니다. 이번 글은 OHDSI 측에서 배포해주는 샘플데이터를 통해 OMOP-CDM의 특징을 관계형 데이터베이스(Relational Database; RDB) 관점에서 알아보도록 하겠습니다. 먼저 관계형 데이터가 무엇인지에 대해서 알아보도록 하겠습니다. 1. 관계형 데이터 모델 (Relational Data Model) ① 정의 l 데이터가 테이블 형태로 표현되며 l 사용자가 데이터를 쉽게 다룰 수 있도록 질의어 (SQL; Structured Query Language) 제공 ② 특징 l 데이터는 정해진 엄격한 데이터 스키마(=structure)를 따라 데이터베이스 테이블에 저장 - 스키마를 준수하지 않는 레코드는 추가할 수 없음 l 데이터는 관계를 통해서 연결된 여러 개의 테..

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    OMOP-CDM 버전 비교: 5.3.1ver vs. 6.0ver

    안녕하세요. 씨앤텍 시스템즈 입니다. 이번 글은 OHDSI의 OMOM-CDM 5.3.1버전과 6.0버전 차이에 대해서 정리해 보았습니다. 5.3.1버전의 공식문서가 18년도 6월 작성되었고 6버전은 10월에 작성되었는데 약 3~4개월되는 짧은 시간에 많은 변화가 있었습니다. 먼저 비교분석한 방법은 ohdsi 깃허브에 올라와있는 cdm 공식문서를 활용하였습니다. 6.0버전: https://github.com/OHDSI/CommonDataModel 1. v5.3.1에는 있지만 v6.0에서는 삭제된 테이블 ATTRIBUTE_DEFINITION, COHORT_ATTRIBUTE, DEATH 테이블은 v6.0에서 더이상 사용되지 않습니다. 다만 DEATH 테이블의 death_date 데이터는 PERSON 테이블에 ..

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    DA#5를 이용한 CDM ver6.0 모델링

    안녕하세요. 씨앤텍 시스템즈 입니다. 이번에는 DA#5를 활용하여 CDM ver6.0을 모델링 해보도록 하겠습니다. 1. DA#5 사용환경 셋팅 엔코아에서 제공하는 DA# 툴은 데이터 모델링 및 ERD를 표현하는데 최적화 되어 있습니다. 아래 URL로 들어가서 밑으로 쭉~~ 스크롤 합니다. http://dataware.kr/da5/? 그리고 다음 다음 누르셔서 설치하면 됩니다. 2. 파일리버스 기능 활용 보통 테이블이 여러개이고 각 테이블에도 여러개의 칼럼이 존재합니다. 따라서 데이터 모델링을 위해서 테이블에 해당하는 모든 칼럼을 일일히 적는 것은 귀찮은 일이 될 수도 있고 또 칼럼을 실수로 누락시킬 수도 있겠지요. DA#에서는 파일리버스 기능이 있어 엑셀파일로 정리해 둔 테이블과 컬럼이 있다면 그 엑셀..

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    CDM이란? (개요 및 관련 용어 정리)

    안녕하세요. 씨앤텍 시스템즈 입니다. 이번 글은 CDM 개요와 관련용어에 에 대해서 정리해 보았습니다. 내용 출처는 'The Book Of OHDSI' 입니다. *관찰 데이터(observational data): 환자가 치료를 받는 동안 환자에게 일어난 이벤트에 대한 기록 *의료 빅데이터(Big Health Data): 전 세계 증가하는 다수 환자에 대해서 수집되고 저장된 데이터 1) 연구활동 촉진 2) 치료 활동 지원 (HER) 3) 치료에 대한 지불 관리 (claims data; 보험청구자료) → 위 세가지는 임상 연구에 통상적으로 사용되며 데이터 내용은 각각 특별한 형식에 맞추어 구성됨 1) 연구가의 편견 배제 관찰 데이터는 임상치료에서 일어난 이벤트의 상세한 부분까지 고루 담을 수 없기에, 각기 ..